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• 藥學部
• 臨床試驗中心/國家臨床試驗機構辦公室

神經外科學中心

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神經病學中心

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• 癲癇科
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• 頭痛科
• 介入神經病學科

外科

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• 血管外科

內科

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• 感染科
• 風濕免疫科
• 綜合內科

心臟及大血管病中心

• 心血管內科
• 心血管外科

國際部

• 國際部綜合醫療1病區
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• 國際部綜合醫療5病區

腫瘤綜合治療中心

• 腫瘤內科
• 神經腫瘤科

藥學部

• 臨床藥學科
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醫技科室

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重點科室

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• 放射科

行政職能科室

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• 北京市腦血管病防治指導組辦公室
• 《中華神經外科雜志》（英文版）編輯部
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人力資源處

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醫務處

• 醫患協調辦公室
• 醫學社工部

國家神經系統疾病臨床醫學研究中心

• 國家中心辦公室
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• 基礎與轉化醫學部
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• 培訓和開發部
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• 醫療質量控制中心

研究所

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國家神經疾病醫學中心辦公室

• 國家神經疾病醫學中心辦公室
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